O Ato 1 conta a história de como Kenshin ficou sob a proteção de Soujiro Hiko, o 13º, e como Kenshin se tornou um retalhador.

Data Estreia: 20/02/1999

O Ato 2 detalha o papel de Kenshin na revolução, como ele conheceu Tomoe e como a rebelião foi quase sufocada.

Data Estreia: 21/04/1999

O Ato 3 detalha como Kenshin viveu com Tomoe e se casou com ela como disfarce até que seu lado reabasteceu suas forças para continuar a rebelião.

Data Estreia: 19/06/1999

O Ato 4 é sobre a traição contra Kenshin, como ele viveu nos anos seguintes como um homicida e a origem de sua cicatriz em forma de cruz.

Data Estreia: 22/09/1999

Kaoru vai ao porto todos os dias para ver se Kenshin voltou. Depois de um tempo, ela começa a olhar para trás em sua vida com Kenshin e todas as coisas que aconteceram.

Data Estreia: 03/12/2001

Sano encontra Kenshin e cuida dele para recuperá-lo apenas o suficiente para que ele volte para casa nos braços de Karou. Enquanto isso Yahiko ensina, Kenji, filho de Kenshin, o valor de ser filho de um lendário samurai.

Data Estreia: 03/12/2001

Contada da perspectiva de Misao Makimachi, esta releitura alternativa do arco de Kyoto narra as aventuras do espadachim errante Kenshin Himura e sua busca para acabar com o malvado Makoto Shishio e sua trama para dominar o Japão.

Data Estreia: 17/12/2011

Kenshin e Kaoru partem de barco para visitar um cemitério. Em troca do jantar, Sanosuke ajuda Megumi a cortar lenha. Yahiko está atualmente trabalhando no Akabeko sob Tae com Tsubame. Enquanto isso, Kenshin e Kaoru passam a noite na casa de um casal local por causa da chuva.

Data Estreia: 23/06/2012

Kenshin e Kaoru partem de barco para visitar um cemitério. Em troca do jantar, Sanosuke ajuda Megumi a cortar lenha. Yahiko está atualmente trabalhando no Akabeko sob Tae com Tsubame. Enquanto isso, Kenshin e Kaoru passam a noite na casa de um casal local por causa da chuva.

Kaoru obriga Kenshin a ficar no quarto separado porque a viu nua enquanto tomava banho. Ele estava tentando perguntar se ela estava bem, mas pensou que ela estava quieta porque estava tentando se matar. (motivo = seus últimos alunos desistiram) Também perto do final do episódio, quando Kaoru convidou Kenshin para ficar com ela, ele disse que queria pode vê-la nua novamente. Ela deu um soco nele e se desculpou porque pensou que ele poderia se esquivar, visto que ele é o Battousai.

Data Estreia: 10/01/1996

Depois de quase ser roubado pelo jovem menino de rua Myojin Yahiko, Kenshin se solidariza com o menino que se declara de uma família samurai. Após a morte de sua mãe, Yahiko foi forçado a trabalhar para a yakuza para pagar a dívida de sua falecida mãe. Kaoru vai resgatar o menino, mas se encontra em uma situação perigosa até que Kenshin apareça e derrote a yakuza sozinho. Kaoru então leva Yahiko como seu aluno a pedido de Kenshin, apesar da relutância de ambos.

Data Estreia: 17/01/1996

Yahiko está descontente com os ensinamentos de Kamiya-Kasshin-ryū, querendo derrotar seus inimigos ao invés de proteger os inocentes. Um velho conhecido de Kenshin o convida para o serviço militar.

Data Estreia: 24/01/1996

Hiruma Gohei, um homem que Kenshin havia derrotado anteriormente no episódio 1, contrata Sanosuke Sagara (também conhecido como Zanza por causa de sua arma característica, um zanbato) para derrubar Kenshin. Ele aceita, mas não pelo dinheiro.

Data Estreia: 31/01/1996

Zanza retorna para lutar contra Kenshin, e revela o motivo de sua luta e seu passado com os Sekihoutai, onde seu capitão e companheiros foram usados como bodes expiatórios pelo governo. Kenshin o derrota e quebra o zanbatou, e eles se tornam aliados.

Data Estreia: 07/02/1996

Funcionários do governo estão sendo assassinados. Jinei, um ex-hitokiri conhecido por sua atitude implacável, está fazendo isso e o governo pede ajuda a Kenshin. Quando Jinei vê Kenshin, ele percebe que tem um oponente digno e sequestra Kaoru, dizendo a Kenshin para encontrá-lo mais tarde.

Data Estreia: 14/02/1996

Jinei sequestrou Kaoru para forçar Kenshin a voltar aos seus hábitos assassinos. Kenshin quase mata Jinei, mas Kaoru grita e ele o poupa. Jinei então tira a própria vida.

Data Estreia: 21/02/1996

Um dos amigos de Sano morreu de ópio quando uma mulher misteriosa (Takani Megumi) aparece e precisa da ajuda dele e de Kenshin. Ela está sendo perseguida pelo Oniwabanshuu onmitsu, um grupo de elite de ninjas que protegia o castelo de Edo. Eles a protegem, mas Yahiko é envenenado.

Data Estreia: 28/02/1996

Takeda Kanryū força Megumi a retornar ameaçando as pessoas no dojo. Sano a convence a voltar, mas Megumi é capturada por um dos subordinados de Kanryū.

Data Estreia: 06/03/1996

O grupo vai resgatar Megumi, mas o grupo Oniwaban fica no caminho. Kenshin derrota Hannya por pouco e então ele e Sano confrontam o comandante Shinomori Aoshi. Aoshi derrota Sano com um golpe, e então ele e Kenshin começam a lutar.

Data Estreia: 13/03/1996

Kenshin derrota Aoshi por pouco. Aoshi pede a Kenshin para acabar com ele, e quando Kenshin se recusa, Aoshi jura vingança. Kanryū aparece com uma metralhadora e mata os quatro membros do grupo Oniwaban, que morrem defendendo Aoshi. Megumi tenta se matar por seus crimes anteriores, mas eles a salvam bem a tempo. Aoshi enterra seus camaradas e jura que derrotará Kenshin por causa deles.

Data Estreia: 24/04/1996

Yahiko conhece uma linda garota chamada Tsubame, que trabalha no Akabeko. Ela está sendo forçada a fazer uma cópia da chave do Akabeko por um grupo de bandidos, e Yahiko decide ajudá-la sozinho. Ele derrota os bandidos, embora com uma ajudinha do grupo.

Data Estreia: 01/05/1996

Kaoru recebe Toramaru, um lutador de sumô que foi expulso de seu estábulo de sumô. O lutador líder teme ser ultrapassado e usa seu status para manter Toramaru no chão. Kaoru ensina Toramaru a ser autoconfiante e ele volta ao estábulo do sumô.

Data Estreia: 08/05/1996

Megumi trata uma garota com um problema cardíaco com risco de vida, mas um curandeiro entra na cidade e começa a aparentemente fazer milagres para curar os doentes com somas exorbitantes, enquanto espalha rumores de que Megumi é uma charlatã. Quando a jovem é colocada em uma situação de risco de vida por causa do desespero de seus pais, o Kenshin-gumi corre para salvá-la antes que seja tarde demais.

Data Estreia: 15/05/1996

O esquadrão Jinpuu está realizando assassinatos de vigilantes. Eles tentam forçar Sasaki, um professor local, a pegar sua espada novamente, mas Sano e Kenshin lutam contra eles. Toma, o líder Jinpuu, jura matar Kenshin.

Data Estreia: 22/05/1996

Toma era um ex-aluno de Sasaki. No final das contas, o esquadrão Jinpuu é derrubado e Toma se arrepende de seu antigo mestre.

Data Estreia: 05/06/1996

O grupo vai ao circo e Yahiko começa a gostar da garota "Canhão Humano", Marimo. Um chefe de circo tenta sabotar o show e fazer Marimo trabalhar para ele, mas o Kenshin-gumi entretém a multidão até que Marimo encontre a mistura certa de pólvora e voe do canhão.

Data Estreia: 12/06/1996

Hiruma Gohei retorna e contrata os irmãos Onizaki para matar Kenshin. Gohei engana Yahiko para trazer a espada de lâmina reversa para ele, e então ele amarra Yahiko. Kenshin é derrotado pelos irmãos Onizaki, mas Yahiko escapa e traz a espada, permitindo que Kenshin vença.

Data Estreia: 19/06/1996

Os Kenshin-gumi vão de férias para Izu. Lá, um menino rico Yutaro cai sob a influência de Raijuta, que pretende criar um reino com seus guerreiros. Kenshin luta contra os homens de Raijuta pelo bem de Yutaro, mas eles levam a melhor.

Data Estreia: 26/06/1996

Kenshin deixa os guerreiros de Raijuta para salvar Yutaro do afogamento. Kaoru ensina a Yutaro o estilo Kamiya Kasshin de esgrima, embora ele não entenda seus aspectos morais. Os militares atacam Raijuto e sua gangue.

Data Estreia: 10/07/1996

Kenshin interrompe a batalha desafiando Raijuta para uma batalha individual. Ele descobre o truque do corte a vácuo de Raijuta e o derrota. Yutaro é ferido na batalha e decide se mudar para a Alemanha para obter melhores cuidados médicos.

Data Estreia: 21/07/1996

Os Kenshin-gumi fazem uma viagem de trem para Yokohama para se divertir. Segue-se um roubo de trem e eles derrotam os ladrões. O tempo todo, Sanosuke reclama que a tecnologia é obra do diabo.

Data Estreia: 31/07/1996

Sanosuke vai a uma loja de quadros para comprar um quadro para a Srta. Tae no Akabeko. Enquanto na loja de fotos, ele se depara com um retrato do Capitão Sagara, desenhado por Tsunan Tsukioka, outro membro sobrevivente do Sekihoutai. Sano se junta a Tsunan e derrota Tashiwachi Shindo, o homem que incriminou o capitão Sagara dez anos antes.

Data Estreia: 14/08/1996

Sanosuke dá uma festa no Kamiya Dojo para todos. Mal sabem todos, exceto Kenshin, que Sanosuke está realmente planejando deixar o grupo Kenshin para sempre para reviver o Sekihoutai há muito perdido com seu amigo Katsuhiro. Kenshin vai impedir Sanosuke e Katsu de destruir o Departamento de Assuntos Internos com bombas. Kenshin para Sano, e Sano se junta ao grupo de Kenshin, e Katsu para de fazer bombas.

Data Estreia: 21/08/1996

Neste episódio, Kaoru finalmente se cansa de Kenshin, Yahiko e Sanosuke rondando o Kamiya Dojo, sem trabalhar ou pagar qualquer dinheiro para ajudá-la a alimentar todos. Eles se sentem mal e saem em busca de um emprego para ajudar a pagar suas despesas. Eles se inscrevem para uma equipe de guerreiros que foram contratados para capturar os piratas Kairyu, um grupo de rouges bizarros que tem invadido navios de seda em alto mar. No cruzeiro, eles encontram Kaoru, que também se inscreveu para arrecadar dinheiro para o dojo. Eles ficam surpresos ao se verem e Kenshin está preocupado com a segurança de Kaoru. Os piratas Kairyu são conhecidos por sua violência, e alguns chegam a chamá-los de demônios. Seu líder, Shuura, é um lutador mascarado implacável com nunchaku. Durante a noite, Kenshin está tomando ar. Kaoru sai e eles compartilham um pequeno momento. É interrompido, no entanto, quando eles veem os piratas Kairyu se aproximando.

Data Estreia: 28/08/1996

Shura e Kairyu pousam na Ilha Kairyu com Kenshin. Shura não tem coragem de matar Kenshin, então Ginjo, um dos Kairyu que quer ser o novo líder em vez de Shura, elabora um plano para matar Shura e se tornar o líder em seu lugar. Shura leva um tiro na perna de Geki, outro de seus seguidores que agora se juntou a Ginjo.

Data Estreia: 04/09/1996

Kenshin ajuda a cuidar de Shura de volta à saúde, então Shura descobre que Ginjo deu ópio ao Velho Iwa. Shura sai para lutar e derrotar Ginjo. Ela é derrotada por ele, já que ele pregou uma peça suja nela. Kenshin então entra e usa o Ryu Tsui Sen para encerrar a luta. Geki então lança uma bomba, destruindo a Ilha Kairyu e todos os seus habitantes, exceto Kenshin e Shura.

Data Estreia: 16/10/1996

O breve período de paz do Kenshin-gumi é interrompido pela presença do ex-capitão do Shinsengumi, Saito Hajime - agora usando o nome de Fujita Goro e trabalhando para a polícia de Tóquio - desperta algumas das memórias mais sangrentas de Kenshin sobre o Bakumatsu. Saito chega ao Kamiya dojo disfarçado de vendedor de remédios e luta contra Sanosuke, ferindo-o gravemente no processo.

Data Estreia: 30/10/1996

Sanosuke está começando a se recuperar dos ferimentos infligidos por Saito, mas a mente de Kenshin está muito perturbada. Akamatsu, outro assassino contratado pelo mesmo homem que está pagando Saito luta contra Kenshin puxando-o para fora, mas perde para Kenshin enquanto Saito chega ao dojo usando seu status de policial para entrar. Kenshin e Saito começam a lutar, apesar da tentativa de Kaoru de detê-los enquanto ela implora a Kenshin para não voltar à sua personalidade de Battousai.

Data Estreia: 06/11/1996

A batalha entre Kenshin e Saito continua depois que Kenshin é esfaqueado pelo Gatotsu Sanshiki de Saito. Kaoru fica assustada ao ver a persona Battousai de Kenshin começar a emergir e começa a perder a esperança de que ela verá o gentil Rurouni novamente. No entanto, um dos superiores de Saito aparece e interrompe a luta no momento em que está chegando ao clímax e Kenshin volta ao normal após dar um soco no próprio rosto. Okubo explica a Kenshin que Shishio Makoto, o homem que assumiu a posição de Kenshin como o Shadow Hitokiri para o Ishinshishi sobreviveu ao ser queimado vivo e começou a reunir um exército para derrubar o governo, e espera que Kenshin possa derrotá-lo, com a ameaça de Megumi. sendo entregue para fabricação de ópio, a menos que ele cumpra. Megumi afirma que prefere morrer a ser usada como peão contra Kenshin, e ele tem um prazo para decidir.

Data Estreia: 13/11/1996

Conforme o prazo para a decisão de Kenshin sobre ir para Kyoto se aproxima, Kaoru fica ansioso com a possibilidade de sua partida. Após o assassinato de Okubo por Seta Sojiro, Kenshin decide ir para Kyoto e se despede emocionado de Kaoru, dando a entender que é provável que eles nunca mais se encontrem.

Data Estreia: 27/11/1996

Kaoru está profundamente deprimida e angustiado desde que Kenshin deixou Tóquio. Com a ajuda de Tae, Yahiko, Tsubame e principalmente Megumi, Kaoru recupera a coragem e decide deixar Tóquio para ir a Kyoto ver Kenshin. Saito também briga com Sanosuke, dizendo-lhe para não ir para Kyoto. Sanosuke sai sozinho, apesar do aviso de Saito de que ele será um risco para Kenshin.

Data Estreia: 04/12/1996

Aoshi Shinomori agora escolheu o caminho do caos. Ele fará qualquer coisa para derrotar Kenshin, pois sente que isso provará ao mundo que o Grupo Oniwaban foi o lutador mais forte da Revolução. Aoshi derrota quatro monges que trabalham para Shishio, que deveriam apenas testar a força de Aoshi, mas se recusa a se juntar a Shishio depois que Sojiro tenta convencê-lo.

Data Estreia: 11/12/1996

Makimachi Misao, a garota bandida, que Kenshin conhece na floresta, é membro do Grupo Oniwaban. Ela quer muito ver Aoshi e os outros quatro membros do Grupo Oniwaban, embora ela não saiba o destino dos quatro ninjas Oniwaban, e ela ainda não saiba o paradeiro de Aoshi. Misao se recusa a parar de perseguir Kenshin, pois acredita que ele pode levá-la até eles.

Data Estreia: 08/01/1997

No caminho para Kyoto, Kenshin e Misao encontram um homem quase morto com seu irmãozinho nos braços, Eiji Mishima. O homem morre e Eiji quer vingar a morte de seu irmão matando Senkaku, o homem que matou seu irmão mais velho. Kenshin, Eiji e Misao viajam para Shingetsu Village, a cidade natal de Eiji, e lutam contra alguns dos soldados de Shishio. Saito e Kenshin deixam Misao e Eiji para trás, enquanto vão para a mansão de Shishio nas proximidades.

Data Estreia: 15/01/1997

Kenshin e Senkaku lutam, e Kenshin vence com facilidade. Misao e Eiji sobem para a mesma mansão na tentativa de derrotar Senkaku por si mesmos.

Data Estreia: 22/01/1997

Shishio é então desafiado por Kenshin, mas Shishio se recusa a aceitar, dizendo que Kenshin é fraco como um andarilho, e que mesmo que houvesse 100 dele, Kenshin não poderia derrotar Shishio como Kenshin é agora. Shishio diz a Sojiro, seu braço direito, para lutar contra Kenshin. Shishio e Yumi saem da mansão. Sojiro e Kenshin usam a técnica de desenho battojutsu. A espada de Kenshin está quebrada em duas, e o Nagasoni Kotetsu de Shishio, que ele deu a Sojiro para lutar com Kenshin, também está gravemente danificado. Sojiro sai da mansão, dizendo a Kenshin para pegar uma nova espada antes de se encontrarem novamente.

Data Estreia: 29/01/1997

Sanosuke se perde em uma floresta. Ele encontra um monge lá que atende pelo nome de Anji. Anji dá comida a Sanosuke. Sanosuke acaba convencendo Anji a ensiná-lo a usar o Futae no Kiwami, um soco muito destrutivo (tão destrutivo que pode pulverizar completamente pedras enormes em pó com um único soco). Sanosuke tem uma semana para aprender ou Anji o matará. Sanosuke finalmente descobre e parte para Kyoto.

Data Estreia: 05/02/1997

Kenshin e Misao chegam a Kyoto. Lá, eles conhecem Okina e outros quatro membros do Grupo Oniwaban. Okina sabe que Kenshin é o lendário Battousai, o Assassino, no momento em que põe os olhos nele. Kenshin vai ver Sekku Arai, filho de Shakku Arai (Shakku foi quem fez a Espada Lâmina Reversa de Kenshin que quebrou) para obter uma nova Espada Lâmina Reversa. Sekku se recusa, dizendo que este é um tempo de paz e que todos os samurais jogaram suas espadas fora. Mais tarde, Chou, o caçador de espadas de Jupongottana, sequestra Iori, o filho bebê de Sekku. Kenshin exige que Chou liberte Iori.

Data Estreia: 12/02/1997

Kenshin descobre que Sawagejo Cho sequestrou o filho do filho de Shakku para obter o trabalho final de Shakku para si mesmo. Kenshin é forçado a escolher entre manter sua promessa de não matar e salvar o bebê, decidindo salvar a criança e desembainhar a espada que lhe foi dada. No entanto, quando parece que ele quebrou sua promessa e matou Cho, é revelado que a espada que ele está segurando é o trabalho final de Shakku, Shinuchi, um sakabato, e Cho está apenas atordoado. Kenshin então sai para encontrar seu mestre, Hiko Seijuro, a fim de aprender a técnica final de Hiten Misturugi-Ryu.

Data Estreia: 19/02/1997

Kenshin encontra seu mestre Hiko Seijuro vivendo como oleiro perto de Kyoto, mas Hiko inicialmente não quer aceitar Kenshin de volta devido à sua saída para se juntar à Revolução. Yahiko e Kaoru encontram Misao em Kyoto depois de saber que ela viu Kenshin saindo, e mais tarde leva o par agradecido até ele depois que eles encontram Okina no Aoi-Ya. Kenshin parece inicialmente chateado ao ver Kaoru, mas depois responde que está apenas "meio" zangado. Eles deixam Kenshin para treinar e, no caminho, a afiliação de Misao com os Oniwabanshu é revelada, bem como o fato de ela não saber do destino do grupo de Aoshi em Edo.

Data Estreia: 26/02/1997

Misao nega depois de ouvir sobre as mortes dos homens de Aoshi e se desespera ao relembrar sua busca por Aoshi em todo o país, que terminou sem sucesso. Enquanto isso, Aoshi envia uma carta para Okina e eles se encontram em um mercado de Kyoto, onde Okina diz a Aoshi que seu desejo de matar Kenshin o transformou em um demônio e que, como líder do Oniwabanshu, Okina não pode permitir que isso continue. Seta Sojiro e vários outros Juppongatana encontram Aoshi e o convencem a se juntar a eles, pois compartilham o objetivo de destruir Kenshin. Após Okina sair misteriosamente com seu uniforme de shinobi, Misao percebe que os dois terão um confronto no templo e corre para pará-lo, mas prova ser tarde demais quando Okina cai para o Kaiten Kenbu Rokuren de Aoshi, e é informado por Aoshi que da próxima vez eles se encontram, ele vai matá-la.

Data Estreia: 05/03/1997

O episódio começa com Seijuro Hiko relembrando o passado sobre quando ele conheceu Kenshin e enquanto eles continuavam o treinamento Kenshin finalmente provou ser digno de aprender a técnica final, então Hiko começa ensinando-lhe o Kuzu-ryusen, uma técnica onde atingirá 9 alvos de artes marciais ao mesmo tempo. Então Hiko instrui Kenshin a tentar o ataque. Kenshin usa o ataque perfeitamente, mas Hiko executou um de sua autoria e o resultado final é que Kenshin perdeu esta escaramuça devido à sua falta de peso e tamanho. Então, depois de aprender isso, Hiko proclama "você deve derrotar essa técnica com o ataque final". Depois de muito se preocupar com seus amigos, Kenshin finalmente procura dentro de si o que estava perdendo na vida e aprende a técnica definitiva, o Amakakeru Ryu No Hirameki, que é a vontade de viver, dita ser "mais forte que tudo". Embora ele tenha que pagar um preço muito alto.

Data Estreia: 12/03/1997

Os Juppongottana se reuniram no templo de Shishio em Kyoto e estão prontos para iniciar o Grande Incêndio de Kyoto e seguir seu caminho para a vitória.

Data Estreia: 19/03/1997

Sanosuke, Saito e Kenshin vão para Osaka para encontrar Shishio e seus homens a bordo de um navio. Eles encontram Shishio, e Shishio lança o Purgatório, um encouraçado de aço que ele pagou uma fortuna para conseguir. Shishio planeja usar o Purgatório para lançar um ataque a Tóquio.

Data Estreia: 16/04/1997

Sanosuke usa o Futae no Kiwami. Anji o ensinou a impedir que as balas da metralhadora Gatling o atingissem. Ele então joga as bombas que Katsu deu a ele antes de deixar Tóquio direto para o Purgatório, danificando o motor e deixando um buraco no navio. O Purgatório eventualmente afunda, mas não até que Saito, Kenshin e Sanosuke saiam com segurança. Shishio lança um desafio; Kenshin só pode encontrá-lo em sua base e chegar até ele completando lutas um contra um. Kyoto também é poupado do Grande Incêndio de Kyoto, graças à intervenção dos Oniwaban, agora liderados por Misao.

Data Estreia: 23/04/1997

Sanosuke, Saito e Kenshin viajam para o Monte Hiei no Santuário dos Seis Arcos para acertar as contas com Shishio. O primeiro desafiante do Juppongottana no santuário é Anji, o Destruidor, o homem que ensinou a Sanosuke o básico do Futae no Kiwami. Anji e Sanosuke duelam, e Sanosuke usa um ataque Futae no Kiwami com força total, chamado Kiwami Hazuchi, e derruba Anji. Sanosuke pensa que está morto, até que se levanta mais furioso do que nunca.

Data Estreia: 30/04/1997

Anji e Sanosuke continuam seu duelo, e Anji renasce para a salvação depois de falar sobre seu passado e ser convencido por Sanosuke e pelas memórias das pessoas de seu passado de que ele estava fazendo a coisa errada todos esses anos por ser um destruidor. Kenshin e Saito seguem na frente para enfrentar Usui, o segundo desafiante do Jupongottana.

Data Estreia: 14/05/1997

Uonuma Usui confronta Saito enquanto os outros continuam pela mansão de Shishio. A alegação de Usui de "Verdadeira Visão" é testada por Saito, que a vê pelo que realmente é - simplesmente uma audição superaprimorada adotada por Usui para compensar sua falta de visão. Saito percebe que Usui é de fato fraco, já que seu desejo de vingança contra Shishio o levou a se tornar um mero peão no jogo de Shishio. Um Usui enfurecido fere Saito usando o timbe, um escudo de tartaruga e bloqueia sua visão, no entanto, Usui não é páreo para o Zeroshiki de Saito, um movimento que Saito estava guardando para uma luta contra Kenshin.

Data Estreia: 28/05/1997

Kenshin sente algo vindo do quarto de Houji, e então sente que é Aoshi Shinomori. Ele entra na sala e está determinado a manter sua promessa a Aoshi Shinomori e a Misao Makimachi lutando e trazendo de volta Aoshi para Aoiya. Ao entrar na sala, Aoshi o cumprimenta, e ele diz que jogou tudo fora, inclusive seus quatro companheiros, apenas para o momento do duelo com ele e Kenshin. Aoshi está determinado a vencer a luta e matar o Battousai, para reivindicar o título de mais forte.

Data Estreia: 04/06/1997

Enquanto o duelo entre Aoshi e Kenshin continua, Kenshin está sendo atacado por Aoshi enquanto ele tenta dizer palavras a Aoshi para tentar acordá-lo; para fazê-lo se tornar o homem que costumava ser. Kenshin está determinado a devolver Aoshi ao que ele costumava ser: um homem carinhoso e feliz, para que ele possa trazer de volta o verdadeiro Aoshi para Misao e manter as duas promessas que fez a ambos. Aoshi percebe que o que ele tem feito está errado o tempo todo, e os dois usam seus ataques finais um contra o outro. No final das contas, Kenshin saiu vitorioso e Kenshin, Sanosuke Sagara e Yumi Komagota passaram para a próxima batalha.

Data Estreia: 11/06/1997

A batalha no Aoiya continua, enquanto Iwanbo, Henya e Kamatari lutam contra o Grupo Oniwaban e Yahiko e Kaoru. Yahiko consegue derrotar Henya, depois de quase ser morto por seu ataque Hikku Happa. Depois disso, Kamatari, Kaoru e Misao lutam. Misao leva costelas esmagadas na luta contra Kamatari, e é incapaz de continuar até que ela acorde de um sonho com Hannya, e ela e Kaoru derrotam Kamatari por meio de um esforço combinado. Parece que eles venceram, até que dois outros membros do Juppongatana, Fuji e Saitsuchi, aparecem. As coisas não parecem boas para aqueles que permaneceram no Aoiya.

Data Estreia: 18/06/1997

Apenas quando toda a esperança parece perdida, Seijuro Hiko aparece e luta contra Fuji. Ele conversa com Fuji e o faz perceber que estava sendo usado e pede uma luta justa. Ele derrota Fuji com o Kuzu Ryu Sen. O Aoiya está a salvo, mas Kenshin ainda tem que lutar contra Sojiro para lutar contra o próprio Shishio.

Data Estreia: 25/06/1997

Sojiro e Kenshin têm seu segundo duelo, já que o da Vila Shingetsu nunca foi finalizado. Sojiro mostra a Kenshin o ataque Shukuchi, um ataque que o leva até seu oponente em um instante, porque ele usa um poderoso trabalho braçal. Kenshin consegue se machucar bastante na luta, e Sojiro não foi atingido nem uma vez. Ele até se esquiva do Kuzu Ryu Sen, um ataque que Hiko disse ser desbloqueável.

Data Estreia: 02/07/1997

Enquanto Sojiro se ocupa constantemente em amarrar o sapato, ele pensa nos momentos de seu passado e em todas as coisas ruins que aconteceram nele. O passado de Sojiro é mostrado ao longo de todo o episódio. A família de Sojiro nunca o amou e só o queria para poder usá-lo. Eles o fizeram carregar centenas de baldes de arroz e, quando Sojiro devolve um balde de arroz para sua casa, um dos membros da família de Sojiro quebra o balde de propósito. Então, outra pessoa que gosta de causar problemas a Sojiro e usá-lo, chamada Yanosuke, chama seu pai que está lá dentro, culpando Sojiro por quebrar o balde. Ele então conhece Makoto Shishio, que poupou sua vida. Shishio deu a ele uma espada Wakizashi. Quando sua família o encurralou, ele os assassinou com esta espada. Então, Sojiro segue Shishio, enquanto Shishio diz a Sojiro que ele se tornará forte.

Data Estreia: 09/07/1997

Continuando com o último episódio, Sojiro pensa um pouco mais sobre seu passado, e pensa na "sobrevivência do mais apto" de Shishio e na maneira de Kenshin de não matar pessoas. Sojiro fica muito confuso, sem saber em quem acreditar, e de repente desmorona durante a luta. Ele enlouquece e diz a Kenshin que ele só está atrapalhando, e que o próprio fato de ele estar na sala o deixa irritado. Sojiro então luta com Kenshin com toda a sua força, usando um ataque que ele chamou de Shu Ten Satsu, uma combinação da velocidade do shukchi e do Battojutsu do tenken. Então ambos fazem uma postura de Battojutsu. Kenshin sai vitorioso usando seu ataque final, o Amakakeru Ryu no Hirameki nele. Sojiro então diz a Yumi para devolver seu Wakizashi para Shishio, e também dá a Yumi os detalhes do ataque final de Kenshin, como um presente de despedida, Sojiro deixa o lado de Shishio para sempre, e Kenshin e os outros seguem para a batalha final com Makoto Shishio.

Data Estreia: 16/07/1997

Enquanto Kenshin, Sanosuke e Yumi caminham para o topo da Arena Inferno, Kenshin pensa sobre seu passado e o que o espera a seguir, todo o caminho até onde o próprio Shishio está esperando. No entanto, Kenshin está pronto e preparado para a batalha final com o assassino conhecido como Shishio. Ao chegar à porta no topo, Yumi puxa o interruptor para abrir a porta. Shishio está parado no meio da arena e Houji também está lá. Depois de algumas palavras iniciais com Kenshin e Shishio, Shishio promete a Yumi que a batalha terminará rapidamente. Ele dá um beijo em Yumi, vai embora e a luta entre os dois assassinos começa! Shishio mostra seu primeiro ataque com a Espada Secreta, a Homura Dama. Ele então morde um pedaço do ombro de Kenshin.

Data Estreia: 06/08/1997

A luta entre Kenshin e Shishio continua. Kenshin e Shishio então começam a falar sobre o maior shura de Shishio que ele treinou, Sojiro. Shishio não acredita que Kenshin entenda as leis da natureza, e então tenta mostrá-lo a Kenshin, usando o Homura Dama. No entanto, depois de criar um círculo de chamas ao redor de Kenshin, ele o pega e acende a pólvora escondida dentro de sua manopla. Este é o segundo ataque da Espada Secreta, conhecido como Guren Kaina. Isso nocauteia Kenshin, quase causando sua morte! No entanto, nem toda a esperança está perdida. Saito entra pela porta, usando seu ataque Gatotsu (o primeiro estilo). Devido a uma proteção de metal na testa de Shishio, isso não o afeta. Depois de tentar todos os estilos Gatotsu, Saito é nocauteado por Shishio. Sanosuke tenta atacá-lo, mas falha. De repente, quando toda a esperança parece perdida, Aoshi parece entrar em combate com Shishio.

Data Estreia: 13/08/1997

Após uma breve conversa entre Aoshi e Shishio, os dois se envolvem em combate um com o outro. No entanto, mesmo com Kaiten Kenbu Rokuren de Aoshi, ele não pode derrotar Shishio. De repente, depois de ganhar tempo suficiente para Kenshin, o próprio Kenshin parece estar de pé! Devido ao seu espírito de espadachim, ele conseguiu sobreviver aos ferimentos causados pelo Guren Kaina. Agora começa a segunda rodada. Quando Shishio está prestes a acabar com Kenshin com outro Guren Kaina, ele se lembra da promessa que fez a Kaoru de voltar para Tóquio juntos. Ele então usa um combo de cinco golpes em Shishio, e faz o Ku Zu Ryu Sen, do estilo Hiten Mitsurugi. Shishio se levanta por causa de seu espírito de espadachim, e a rodada final está prestes a começar.

Data Estreia: 20/08/1997

Voltando a se levantar após o Ku Zu Ryu Sen, Shishio se prepara para usar o último e definitivo ataque da Espada Secreta, o Kaguzuchi. Kenshin também se prepara para usar seu golpe final, o Amakakeru Ryu no Hirameki. Os ataques acabam se cancelando, mas o vácuo resultante imobiliza temporariamente Shishio. Sem perder a chance, Kenshin ataca. Shishio milagrosamente se levanta, mas como já se passaram muito mais de quinze minutos, seu sangue começa a evaporar. Com medo da vida de Shishio, Yumi entra correndo e implora a Kenshin para poupá-lo. No entanto, Shishio esfaqueia Kenshin através de Yumi! Ele está determinado a continuar lutando e Yumi morre, sabendo que ela fez algo útil pela primeira vez. A batalha está mais uma vez paralisada. Então, de repente, o calor escaldante do corpo de Shishio faz com que ele seja queimado vivo mais uma vez, desta vez de forma fatal.

Data Estreia: 03/09/1997

Sano e Aoshi arrastam Kenshin inconsciente enquanto fogem do prédio em chamas. Eles finalmente escapam, mas Saito foi deixado para trás porque suas pernas estavam muito feridas para pular a ponte / passarela que desabou. Portanto, Saito agora é dado como morto. Chou, o Caçador de Espadas, também aparece para contar ao grupo o que aconteceu com o resto de Juponggottana. O episódio termina com Makoto Shishio, Yumi e Houji se reunindo no inferno, planejando como assumir o controle.

Data Estreia: 10/09/1997

Yahiko visita o Monte Hiei e Sanosuke mostra a ele onde ocorreu a batalha com Shishio. Enquanto isso, Kenshin visita o túmulo de uma mulher desconhecida e coloca flores perto dele. Também neste momento, Megumi explica a Kaoru a gravidade dos ferimentos de Kenshin e que é importante impedi-lo de fazer algo tão perigoso novamente. Finalmente, a turma pega o trem para Tóquio, com Misao acenando para eles e dizendo para visitá-los novamente. Depois que o trem parte, Saito é visto dizendo que ele e Kenshin se encontrarão novamente um dia e acertarão as contas que eles têm. Quando a gangue chega à estrada para o dojo, Kaoru estende a mão e dá as boas-vindas a Kenshin. Kenshin sorri e diz: "É bom estar em casa."

Data Estreia: 17/09/1997

Kenshin sai para pescar para trazer comida para a mesa. No rio ele conhece um velho que lhe conta a lenda dos vaga-lumes. No final, é revelado que o velho estava contando a Kenshin a trágica história de seu amante morto, que morreu esperando que ele voltasse de sua longa busca para dominar a espada. Ele dá a Kenshin a mensagem de que uma vez na vida, todo homem encontra uma mulher que nunca esquecerá. Depois de ouvir sua história, Kenshin traz de volta uma flor de íris, que não dá a Kaoru.

Data Estreia: 14/10/1997

Um príncipe estrangeiro é atacado por bandidos. Como Kenshin e Kaoru estão voltando de uma peça, eles veem isso e Kenshin intervém. Durante o ataque, o príncipe foi ferido, então Kenshin e Kaoru os levam de volta ao dojo. Acontece que o príncipe Shin se parece exatamente com Yahiko, então Yahiko é colocado em seu lugar para comparecer a um banquete. No banquete os bandidos atacam mais uma vez, mas nosso samurai favorito está lá para proteger Yahiko, junto com Sanosuke.

Data Estreia: 28/10/1997

Quando ele se vê sob ataque de Kenwadan, uma gangue de homens mascarados, um político, o Sr. Takamori, joga a chave de seu cofre em um beco. Inesperadamente, a chave é prontamente apanhada por um cachorro, que foge com ela para um rio, apesar da perseguição frenética da gangue. Enquanto rezava no santuário para ter mais sorte nos dados, Sanosuke se depara com o cachorro, agora meio morto, e o carrega de volta ao Kamiya dojo para ser examinado por Megumi. Indique aventuras cômicas como o cachorro, que Sanosuke chama de Notaro, prontamente destrói as vidas do Grupo Kenshin, comendo sua comida, roubando e enterrando seus pertences e geralmente se tornando um estorvo. Mas não demora muito para a gangue Kenwadan rastrear Notaro. Kenshin e os outros serão capazes de afastá-los e encontrar a chave antes que a gangue o faça?

Data Estreia: 04/11/1997

É Tanabata, 7 de julho. Tsubame-chan, Kaoru e Tae-san estão olhando as vitrines. Tae conta a Kaoru o que simboliza um anel de noivado. Kaoru começa a sonhar acordada com Kenshin pedindo-a em casamento, o casamento, a noite de núpcias e partimos para Kaoru desmaiada de costas no meio da rua com Tae inclinado sobre ela. Tae decide que Kaoru está frustrada e precisa de sua ajuda para encontrar a felicidade com Kenshin. Kenshin vai pescar e volta com um peixe-gato. Kaoru aparentemente odeia peixe-gato. Kenshin dá uma mordida no peixe e morde um anel. Tae o convence a dar o anel para Kaoru. Acontece que o anel pertencia a um cara que ia pedir sua namorada em casamento, imagine quantos problemas o grupo Kenshin teve para arrancar o anel do dedo dela. De jujutsu, a verificar sua calcinha, até inebriá-la com cerveja. Eles podem tirá-lo, a tempo de impedir que o romântico incurável cometa suicídio?

Data Estreia: 11/11/1997

O Kenshin-gumi recebe uma carta de Misao. Ela relata um mistério de assassinato em Kyoto e um cadáver com esculturas estranhas na carne. Aoshi é abordado por um homem que busca proteção contra uma ameaça de morte por escrito. Aoshi se recusa, mas Misao vê a carta e a leva para Okina. Okina diz que a escrita é portuguesa ou holandesa, e o símbolo na parte inferior da carta era o mesmo símbolo esculpido no corpo do homem assassinado.

Data Estreia: 18/11/1997

Amakusa Shougo aparece no local que Cho está protegendo. Ele derrota Cho e depois mata o homem que veio matar. Cho diz a Kenshin que Amakusa é melhor que Kenshin. Okina descobre que os três homens que Amakusa matou foram os responsáveis pela perseguição aos cristãos durante a dinastia Edo.

Data Estreia: 25/11/1997

Em Shimabara, Yahiko quase é atropelado por uma carruagem que transportava o embaixador da Holanda, Elsten-dono. Kenshin e Elsten se reconhecem, já que Kenshin salvou a vida de Elsten há 10 anos no final da dinastia Edo. Os Kenshin-gumi vão à residência do embaixador para tomar chá e bolinhos. Magdaria e Shougo estão viajando de carruagem e depois de barco para Shimabara.

Data Estreia: 02/12/1997

O homem redondo tem Kenshin caído e cercado pelos cachorros, mas depois perde o apito com o qual os controla. Kenshin acaba salvando a si mesmo e ao homem redondo dos cachorros. O homem redondo fica confuso, pois Kaioh-sama disse a ele que Kenshin é um demônio e deve ser morto, mas Kenshin salvou a vida do homem redondo. O homem redondo acorrenta Kenshin a uma árvore e vai até Magdaria para ver o que ele deve fazer com Kenshin.

Data Estreia: 09/12/1997

Sano está inconsciente e deitado no chão de uma caverna. Quando ele acorda, ele se vê olhando para o rosto de Magdaria. Ela percebe que ele está ferido e o leva de volta para sua casa no morro. Enquanto ela o conserta, eles discutem e ela o tranca no quarto. Enquanto isso, Kaioh, Santo e Amakusa Shougo estão planejando o fim do governo Meiji por meio da instigação de uma guerra civil, mas estão discordando sobre preço e metodologia. Portando uma arma, Magdaria volta para a sala onde trancou Sano, mas ele desapareceu.

Data Estreia: 16/12/1997

Misao conta a Kenshin o que sabe, Shougo e Magdaria (Sayo) estão escondendo um segredo, no passado Shougo foi capaz de ajudar a curar doenças das pessoas porque estudou medicina, mas não pode curar sua irmã e ela está morrendo . Logo após Kenshin, Kaoru, Yahiko e Kenshin saem e são pegos por alguém. Mais tarde, Magdaria é informada de que Kaiou está com seu medalhão, então ela entrou no quarto dele e foi procurá-lo. Ela encontrou algumas coisas mais interessantes e descobriu que Kaiou vai trair ela e seu irmão. Sanosuke e Shouzo apareceram e estavam tentando parar Kaiou, mas ficaram presos na gaiola com Magdaria, para piorar a situação, ocorreu uma explosão e pedras caíram sobre eles.

Data Estreia: 06/01/1998

Kenshin é pego por alguém e o tira rapidamente. Enquanto isso as pedras caíram e Shouzo ficou preso, Sanosuke e Magdaria conseguiram sair bem. Sanosuke e Magdaria trabalharam juntos e o libertaram. Shouzo escapou e foi relatar isso a Shougo. Enquanto isso alguém apareceu para tirar Sanosuke, não teve problema e ele foi derrotado, mas ele não desistiu, ele atacou mais uma vez mas Misao e Yahiko ajudaram. Juntos, eles saíram da caverna, mas Magdaria estava muito doente e Sanosuke correu o mais rápido que pôde para trazê-la para Elsten. Mais tarde, Shouzo ouviu os planos de Kaiou e tentou lutar contra ele, mas foi derrotado, como último recurso ele jogou algumas bombas caseiras que Sanosuke deu a ele e matou Kaiou.

Data Estreia: 13/01/1998

O exército começou a se preparar para lutar contra Shougo e matar todos os outros. Sanosuke continuou tentando trazer Magdaria para Elsten. Depois de superar muitos obstáculos, Sanosuke encontra um pouco de sorte e vê Elsten. Elsten estava interferindo muito, então Santo tentou matá-lo, mas Magdaria pulou e foi baleada. Sanosuke espancou Santo e devolveu o medalhão de Magdaria para ela, logo após sua morte. Elsten saiu e tentou se apressar e chegar ao monte sagrado para parar a luta. Enquanto isso Kenshin finalmente chegou e tentou parar a luta, ele havia encontrado Shougo e iria lutar com ele se ele obrigasse as crianças a se sacrificarem.

Data Estreia: 20/01/1998

Misao foi pega por dois homens e foi levada ao líder do exército, ela continuou dizendo a eles que Kenshin está negociando com Shougo. Finalmente Elsten chegou e tentou parar o ataque, ele só conseguiu parar por uma hora, depois da hora eles iriam atacar. Misao saiu para dizer a Kenshin que ele tinha uma hora e se ele tivesse sucesso, ela daria um sinal para avisá-lo. Kenshin já havia começado a lutar contra Shougo, finalmente ambos usaram a técnica de sucessão e Shougo foi derrotado. Kenshin recuperou a visão e Misao acabou de chegar.

Data Estreia: 27/01/1998

A guerra acabou e Shougo se rendeu. Kenshin visitou Elsten para descobrir o que aconteceria com os crentes e assim por diante. Elsten aguarda a decisão do governo e deve chegar em breve. Um oficial chega e diz a eles que os crentes não podem mais ficar no Japão, Elsten agradece a decisão e decide que os crentes podem vir para seu país, a Holanda. Enquanto isso, Sanosuke dá uma carta a Kaoru e ela faz uma visita a Shougo. Kaoru entrega a carta para Shougo e vai embora. Shougo faz uma última visita ao túmulo da irmã e parte para a Holanda.

Data Estreia: 03/02/1998

Kenshin e o resto estão comendo no restaurante, de repente um grupo chamado Tengu cria uma confusão, Yahiko e Misao os levam para fora e lutam contra eles. Então, um homem que afirma ser o lendário Battousai chega e os assusta. Kenshin e o resto estão procurando um lugar para ficar, mas estão todos lotados. Eles vão até a casa do falso Battousai e veem que ele está administrando um dojo. Kenshin e os outros ajudam e têm um lugar para ficar. O grupo Tengu está ficando inquieto e quer matar o Battousai, um homem chamado Anzai chega e diz que vai matar o Battousai. Ele chega no dojo e quer lutar contra o Battousai, Kenshin chegou na hora e o derrotou. Kenshin permitiu que ele mantivesse o nome e ele e o resto partiram para voltar para casa.

Data Estreia: 10/02/1998

Kenshin e os demais estão caminhando pela floresta, acabam indo a um restaurante para comer, e na hora de pagar, Kenshin havia perdido o dinheiro de Kaoru. Kenshin e o resto se ofereceram para trabalhar com o dinheiro. Kaoru e Misao estavam fazendo viagens para enviar comida às pessoas e acidentalmente entraram no quarto errado. Mais tarde naquela noite, Misao e Kaoru estavam nas fontes termais e avistaram alguém. Eles perceberam que era um artista em busca de inspiração e Kaoru era isso. O artista se apaixonou por Kaoru, mas Kaoru estava apaixonada por Kenshin, Misao teve uma ideia e disse a Sanosuke, Sanosuke disse ao artista que se ele pudesse bater em Kenshin, ele o ligaria a Kaoru. Por mais que o artista tentasse, ele não conseguia acertar Kenshin. Finalmente ele teve sua inspiração e desenhou um retrato de Kaoru e deu a ela. Kenshin e o resto saíram e viram a foto de Kaoru, era um desenho abstrato e eles riram enquanto fugiam.

Data Estreia: 17/02/1998

Um homem está falando que as pessoas podem ir à lua, mas os outros riem dele, ele saiu com a professora e esqueceu os livros. Yahiko foi devolver os livros, mas o homem (Daigoro) e seu professor seriam atacados. Yahiko e todos ajudaram e foram capazes de protegê-los, então Tetsuma apareceu e os assustou. O professor de Daigoro então o expulsou de seu dojo porque ele não era muito bom com a espada. Kaoru decidiu aceitá-lo como aluno e tentou ensiná-lo a ser forte. Uma garota chamada Itsuko veio e tentou trazê-lo de volta, mas Daigoro recusou e Itsuko ficou para trás. Kenshin saiu e foi contar ao professor de Daigoro (Katsu) que sua filha estava hospedada no dojo, pois Kenshin deixa os homens mais cedo tentando atacar Kenshin.

Data Estreia: 24/02/1998

Um bando de homens está pronto para atacar Kenshin, mas Kenshin não tem ideia de quem são essas pessoas, eles dizem a Kenshin que são os Beni Aoi, Kenshin ainda não sabe quem são, o líder descobre que Kenshin não foi contratado como um guarda-costas e saiu. Daigoro continua treinando e tem uma luta contra Yahiko. Daigoro ataca, mas puxa as costas e não consegue se mover. Itsuko está cozinhando e Kaoru aparece, ela a ensina a cozinhar, mas se esqueceu de comprar algo e foi embora. Do lado de fora do Beni Aoi estava esperando por ela e a sequestrou. Kaoru gritou e não sabia o que fazer, a cozinha estava pegando fogo, Kenshin sentiu que algo estava errado e perguntou onde estava Itsuko, ele saiu e encontrou o grampo de cabelo dela no chão.

Data Estreia: 03/03/1998

Itsuko foi sequestrado e Katsu recebeu uma carta sobre isso, Kenshin fez uma visita a ele e descobriu que Katsu estava escondendo o dinheiro de alguém e o Beni Aoi o queria. Katsu deveria chegar às 2h em um templo e, se ele cooperasse, sua filha não seria prejudicada. Kenshin foi avisado para não vir, mas ele foi assim como todos os outros, incluindo Daigoro. Eles chegaram primeiro ao templo e Daigoro disse Itsuko, ela tentou correr, mas tropeçou, Daigoro avançou e foi esfaqueado.

Data Estreia: 10/03/1998

Daigoro acabou de ser esfaqueado e Kenshin deu um passo à frente para lutar contra o líder enquanto os outros cuidavam do resto. O líder foi derrotado e logo a polícia chegou e prendeu o Beni Aoi. De volta à casa de Katsu, Tetsuma foi pego, Katsu sabia que era ele procurando o mapa para o dinheiro escondido. Tetsuma tenta raciocinar por que Katsu, mas não foi o suficiente, então ele tentou lutar com ele, mas Kenshin interveio. Kenshin derrotou Tetsuma e ele soube que o que fez estava errado e se entregou.

Data Estreia: 14/04/1998

Yutaro retorna ao dojo com o professor Hans. Yahiko vê Yutaro e eles têm uma luta amigável. Enquanto isso, os Cavaleiros Negros estão atrás do professor Hans e querem algo dele. Já que Yutaro está de volta, Kenshin e todos vão a um restaurante e comem para comemorar o retorno de Yutaro. A refeição terminou e o professor Hans e Yutaro saíram, quando Kenshin estava saindo ele notou alguém então ele ficou para trás. O professor Hans foi atacado e um mapa foi tirado dele, ele estava gravemente ferido e Yutaro não podia fazer nada, Kenshin interveio e lutou contra um dos homens, mas eles recuaram porque ouviram pessoas chamando Kenshin. O professor Hans foi trazido de volta para ser tratado e disse a Yutaro que havia um mapa sob o dojo e ele deveria proteger o remédio divino. Enquanto isso, os Cavaleiros Negros tinham o mapa e estavam comemorando que alguém causou uma confusão e se revelou.

Data Estreia: 21/04/1998

Os Sanada Ninjas se juntaram aos Cavaleiros Negros na busca pela Medicina Divina, mas os Sanada Ninjas vão dominar o Japão. Enquanto isso, Yutaro está com o caderno do professor Hans, ele logo descobre que existe um remédio que pode curar qualquer doença. Os Cavaleiros Negros estão atrás da Medicina Divina para que possam vendê-la, ganhar dinheiro e começar a governar o mundo. Kenshin descobre que a Medicina Divina está em algum lugar no Mar de Suwa, então eles fazem uma viagem até lá, tentando encontrar alguma pista que Kenshin faça perguntas aos habitantes locais. Enquanto eles se movem, Sanada Ninjas atacam Kenshin e os outros, o Oniwabanshu ajudou e parou o ataque. Os ninjas recuaram e voltaram para a base, o líder daquele grupo estava ficando irritado com os forasteiros e estava discutindo com o líder dos ninjas, os Cavaleiros Negros entraram e lutaram contra aquele grupo em particular. Mais tarde, Misao acompanha Kenshin e eles se preparam para entrar na base de Sanada.

Data Estreia: 05/05/1998

Kenshin e o resto continuam a usar suas dicas e procurar o remédio divino, de repente Yahiko não consegue mais andar, ele estava com febre. Um caçador apareceu e trouxe Yahiko e o tratou, ele deu a Kenshin mais algumas pistas de onde estava o remédio divino, Yahiko melhorou e eles foram embora. Depois de usar todas as dicas, Kenshin e os outros conseguiram entrar em uma caverna e estavam no caminho, finalmente perto do fim, o caminho estava aberto. Logo os cavaleiros negros chegam e incluindo o líder dos Sanada Ninja, Misanagi. Uma coisa que Yutaro não conseguiu ler foi o último parágrafo e o chão desabou e eles caíram no chão.

Data Estreia: 19/05/1998

Kenshin e o resto caíram no subsolo e não tinham ideia do que fazer. Enquanto isso, Misanagi e os Cavaleiros Negros entram no caminho e começam a se mover em direção à medicina divina. Mais tarde, o gás estava vazando e em menos de meia hora Kenshin e os outros estariam perdidos. Sanosuke deu um soco na parede e a água saiu correndo, por isso eles conseguiram escapar. Lá fora Yutaro encontrou alguém, era um ninja chamado Kaita. Ele estava ferido e iria morrer se não fosse tratado. Yutaro trabalhou duro e tratou das feridas de Kaita, ele acordou e os ajudou usando um atalho para que pudessem ser pegos. Finalmente entrando havia três guardas, Zan, Ren e Baku, eles atacaram todos e Ren conseguiu anular um dos ataques de Kenshin.

Data Estreia: 26/05/1998

Kenshin e Sanosuke continuam lutando contra Zan e Ren enquanto Baku passa despercebido. Sanosuke está tendo um pouco de dificuldade, mas com a ajuda de Kaoru, Sanosuke consegue derrotar Zan. Os sentidos de Kenshin estão sendo distorcidos e está tendo problemas com Ren, Kaita disse a Kenshin para atacar os morcegos, depois disso tudo ficou mais claro, Ren e Baku foram derrotados logo. Um morcego voou lentamente e tentou relatar de volta, Kenshin e os outros o seguiram e encontraram o remédio divino. O tenente Melder havia traído Misanagi e Schneider não iria tolerar isso, então ele lutou contra Melder, mas se machucou. Kenshin chegou e iria lutar contra o Tenente Melder.

Data Estreia: 02/06/1998

Tenente Melder avança e ataca Kenshin, parece que Kenshin tem uma desvantagem e foi gravemente ferido, Melder continua a atacar, mas cria uma faísca e acende uma chama com o óleo no chão, o remédio divino começou a queimar rápido e Renz foi para obter uma amostra, mas Yahiko e Yutaro tentaram impedi-lo. Kenshin usa sua técnica de sucessão e derrota Melder, mas ficou gravemente ferido. Kaoru ajudou a levar Kenshin para um local seguro. Kaita ajudou a derrotar Renz e o colocou em segurança, Yutaro correu para as chamas e pegou uma amostra do remédio divino, Sanosuke correu e agarrou Yutaro. O remédio divino foi queimado e todos saíram, exceto Melder, o professor Hans se recuperou graças ao remédio e recebeu um relatório dizendo que os Cavaleiros Negros se entregaram e os Cavaleiros Negros restantes serão examinados de perto. Mais tarde, o professor Hans e Yutaro estão prestes a partir e Kenshin e o resto se despedem deles.

Data Estreia: 09/06/1998

Um dia no dojo onde Yahiko está treinando, Yahiko está treinando com Misao e ela está decidindo que é hora de partir. Omasu, Ochika e Aoshi chegam e estão prontos para levar Misao de volta a Kyoto. Misao muda de ideia e decide que não quer voltar, e então as mulheres decidem ir às compras. As fêmeas vão embora e Sanosuke e Yahiko estão tramando algo, eles acreditam que vão comer alguma coisa sem eles, então eles vão junto. As meninas vão às compras e esbarram em um bolso de carteira, batem nele e recuperam o dinheiro. O batedor foi e pegou todos os seus homens, mas eles foram derrotados, enquanto Kenshin e Aoshi conversam e bebem chá, eles decidem dar um passeio e veem as garotas.

Data Estreia: 16/06/1998

Dois clãs concorrentes de usuários de Feng Shui criam uma poderosa magia ao redor da terra onde Tóquio fica por volta de 1604. Após 275 anos, essa magia começa a se reativar e causar desastres em Tóquio. Após cada um desses incidentes, um homem que afirma ser um mestre do Feng Shui aparece para aconselhar as vítimas. No entanto, assim que o homem sai, um misterioso empresário aparece para oferecer seus serviços, como proteger pedras com o poder do Feng Shui. Quando o Akobeko pega fogo em um de seus fogões, Tae e Tsubame vão morar no Kamiya dojo, onde são atacados por calouros do Feng Shui após a visita do empresário, cujos serviços Tae recusou.

Data Estreia: 23/06/1998

O Mestre Fusui Jinpu tinha acabado de salvar Kenshin, eles voltam para o dojo e ele explica tudo. Ele mostra o mapa a Kenshin e diz a ele que seu clã tinha uma formação Eigou que protegeria a cidade, o clã da água também queria uma formação, mas os dois entrariam em conflito, então eles tentaram destruir a formação Eigou. Agora o clã da água voltou e está criando sua formação. Já começou e o clã da água atacou o dojo agora o dojo e o restaurante não são mais necessários e a formação já começou.

Data Estreia: 21/07/1998

Kaoru foi ferida e a única maneira de curá-la é ir para as montanhas e encontrar a fonte do dragão e pegar a água só então ela será curada. Jinpu cria um plano, ele e Kenshin irão buscar a água, Sanosuke e seu amigo encontrarão algum tipo de estátua e a destruirão e Yahiko ficará para trás para proteger Kaoru. Até agora tudo deu certo. Sanosuke está indo bem, e Kenshin e Jinpu estão a caminho. Enquanto isso, o clã da água está destruindo lentamente a formação Eigou, Kenshin e Jinpu finalmente conseguem chegar à montanha e Kenshin agarra a água, as cavernas começaram a desmoronar e Kenshin e Jinpu saíram. O Ryu Myaku começou a se mover para o leste de Musashino e a batalha ainda não havia terminado.

Data Estreia: 04/08/1998

Kaoru recebeu a água e ela começou a se recuperar, Kenshin e Jinpu partiram para Nikko vencer o Ryu Myaku antes que fosse tarde demais. Sanosuke e seu amigo procuraram pistas, finalmente conseguiram um livro que dava muitas pistas úteis. Era difícil de entender, então Sanosuke e seu amigo foram procurar o autor e ele explicou tudo. Kenshin e Jinpu chegaram a Nikko e a crista havia sumido, pistas e dicas foram sendo reunidas e os planos do clã da água começaram a ficar mais claros. Sanosuke encontrou Kenshin e Jinpu e explicou tudo, o Ryu Myaku mudaria de direção então eles foram até Senjo Gahara.

Data Estreia: 18/08/1998

Kenshin, Sanosuke e Jinpu foram até Senjo Gahara e encontraram o clã da água, Jinpu foi e atacou Reisui, e Reisui usou sua formação e provou ser mais poderoso que Jinpu. Enquanto isso, o autor chegou e disse à polícia e ao amigo de Sanosuke para colocar a estátua do dragão no centro para parar o Ryu Myaku. O Ryu Myaku havia chegado e estava destruindo o local, atingiu a estátua do dragão mas estava apenas enfraquecido, Jinpu conseguiu detê-lo e o clã da água foi derrotado assim como o Ryu Myaku. O departamento de polícia reconstruiu lentamente suas estações e Kenshin se despediu de Jinpu.

Data Estreia: 08/09/1998